Saludos!!
Es bueno darle una checada a la pagina de FAQs pues ahi viene lo que buscas, o pudes buscar ese tema en el foro ya que se ha comentado varias veces.
Por otro lado para contestar tu pregunta, la funcion para que tu SWF tenga fondo transparente es la siguiente....
en el HTML en el apartado del codigo donde incrustas el SWF viene un espacio para parametros, incluye el siguiente...
<param name="wmode" value="transparent">
Y si lo que quieres hacer es que la pagina web se vea por detras del SWF necesitas usar LAYERS de HTML... Eso lo realizas con Dreamweaver.
suerte