el order by es para ordenar el resultado de la consulta por uno de los campos existente en ella..
digamos que si hago un "SELECT id,nombre,apellidos FROM agenda ORDER BY apellidos ASC"
esto me devuelve el ID, NOMBRE y APELLIDOS de AGENDA ordenados por APELLIDOS en orden ASCENDENTE.
entiendes?
Lee esto ya veras como te aclara muchas cosas:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/tutsql2/