Gracias a todos ya he conseguido que funcione, dejo el código definitivo por si le sirve a alguien.
Código:
<script language="Javascript">
function preguntar(numero){
confirmar=confirm("¿Seguro que quieres eliminar el proyecto?");
if (confirmar)
location="_eliminar.php?numero=" + numero
}
</script>
Código:
<a href="javascript:preguntar(3)">Eliminar</a>
SALUDOS