Yo nunca he tenido problemas serios con las actualizaciones de Red Hat o Fedora. De hecho, llevo actualizando desde Red Hat 7.0 y mis únicos problemas han sido algunos cambios en los archivos de configuración de algunos programas. Pero en general diría que las actualizaciones son bastante transparentes y confiables.
Simplemente reinicia tu PC con el CD 1 de Fedora Core 3 adentro, y el instalador te dará la opción de "Actualizar" o "Realizar una instalación nueva".
De todas maneras, nunca está de más respaldar la información más importante antes de actualizar. Uno nunca sabe cuándo puede caer un meteorito justo encima de tu PC
