Yo hace un par de meses andaba como tu, te digo las conclusiones a las que he llegado que no tienen porque ser las buenas:
La presentacion creo que lo has entendido bien, en reglas de negocio irian todos los metodos/funciones (como quieras llamarlo) que hagan operaciones con tus datos ficheros o lo que haga tu aplicacion realmente.
En la capa de acceso a datos es lo que dices tu pero tienes que tener especial cuidado en que las demas capas sean independientes de la base de datos que utilice la capa de acceso a datos (acces, sql server, oracle...). De modo que puedas hacer distintas capas de acceso a datos con interfaz similar pero accediendo a distintas BD.
AL final la capa de presentacion solo interactuará con la logica, y la de acceso a datos con la logica tambien solamente. (yo no he conseguido esto ultimo y tambien interactua la presentacion con la capa de datos pero bueno te enseño bien ;) ).
La teoría tambien dice que la capa de logica sería una dll y la de acceso a datos otra para poder reutilizarse y asegurarse que no se toca donde no se debe, pero yo lo que he hecho es un namespace con las clases de la logica y otro con las clases de acceso a datos, en mi aplicacion....
No me hagas mucho caso a esto pq yo tambien soy novato en esto pero al menos te hago pensar ;)
suerte
HipHop