Para la comunicación en sentido Applet java -> PHP .. tendrás que revisar en el foro o manual de Java como se "pide" una pagina cualquiera para que puedas generar tus links tipo: nose.php?variable=valor para así pasarle un valor a un script PHP. O bien como interpretar el protocolo HTTP para hacer una conexión por sockets.
Para el sentido contrario (PHP -> Applet java) tendrías que usar HTML y sus "<PARAM ..>" (o algo así es el tag HTML) dentro del <OBJECT ...> que define la llamada a tu applet java desde tu página HTML que es lo que al fin y al cabo con PHP "generas" -> este llega al "cliente" y se ejecuta su parte ..entre ella tu HTML, tu Javascript común y las llamadas a tus Applet java o activeX que corren del lado del "cliente".
Por lo menos eso sería lo "basico" .. algo más avanzado lo desconozco.
Un saludo,