Hola bueno yo creo que esto puede ayudarte
Si utilizas un RegularExpressionValidator, podrias usar la siguiente expresion regular:
^\d{4}+,\d{2}$
<asp:regularexpressionvalidator id="Regularexpressionvalidator1" runat="server" ControlToValidate="TextBox1" ErrorMessage="* Solo puede introducir caractres con este formato ####,##" ValidationExpression="^\d{4}+,\d{2}$"></asp:regularexpressionvalidator></td>