En la parte que le indicas al javascript que pagina queres abrir en el popup pones algo asi:
popup.php?tabla=<table><tr><td>contenido1</td><td>contenido2</td><td>contenido3</td></tr></table>
en el archivo PHP con el formulario guardas esa info en un input invisible... para lo que pones:
<input type="hidden" name="tabla" value="<?=$_GET["tabla"]?>">
y despues en el archivo con el script que manda el mail pones en la parte donde se forma el cuerpo del mensaje pones algo asi:
$mensaje="<html><body>".$_POST["tabla"]."</body></html>";
(usa $_POST["tabla"] si en el formulario usas como metodo de envio post o si usas get usas $_GET["tabla"].)