Hola dacotta:
En la página de KarlanKas he visto una explicación muy buena para centrar los popups:
www.karlankas.net
En los atributos tendrías que añadir top y left, pero antes calcular la posición según la resolución de pantalla.
Personalmente, creo que son mejor los links con el destino en el atributo href... en las FAQs javascript se habla de este otro asunto.
Saludos
