Bueno, esto es para que los que programais a diario aplicaciones de este tipo me deis un poco vuestra opinión.
Yo cuando comienzo a hacer un sitio en php me hago una página llamada funciones.php donde meto todas las funciones que voy a utilizar por todo el sitio y en cada página las llamo con el include, etc..pero cuando ya son una cantidad considerable de funciones las que escribo, me planteo si sería mejor separarlas en más de una página. La verdad es que teniendo todas las funciones en una sola página por muy extensa que me quede me resulta más cómodo para no tener que ir incluyendo una u otra, pero no sé si eso ralentizará la ejecución de la aplicación o no tiene nada que ver.