configurar pc con dos discos duros

[MALLENCY]

hola tengo una duda quiero configurar un pc que cuenta con dos discos duros unidades : C y D la unidad C: se encuentra en archivos NTFS es el de mayor tamaño 40 gb y la unidad D: se encuentra en archivos fat 32 esta unidad solo es de 2.5 gb y contiene los archivos para poder restructurar el pc nuevamente yo deseo configurarla solo en NTFS con el S.O xp home pero mi duda es si formateo solo la unidad C: y ahi cargo el S.O xp home ¿no habra problemas con la unidad D: ? es decir si esa unidad no la toco.
espero me den algun tip o consejo gracias.