lo que sucede es que por default los swf se muestran por encima de los javascripts, cuando debiera ser al reves.
coloca los siguientes parametros dentro de la etiqueta "Object".
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="images/tuflash.swf" wmode="transparent" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"type="application/x-shockwave-flash" width="550" height="104"></embed>
</object>
asi te funcionara