Trataré de ayudarte:
- Cuando tengas dudas de alguna función puedes consultarla en php.net (parte superior derecha).
- $tipo_archivo y $tamano_archivo ni siquiera son funciones... son variables a las que tú debes de asignarle su valor.
Ahora...
... en principio no entiendo muy bien tu pregunta original

... eso de asignarle "un tipo de preferencia"... pero podrías trabajar con nombres más... "intuitivos", no sé! algo tipo:
imagen$id-A.jpg e imagen$id-B.jpg
dónde '$id' será el id del usuario ó a lo que lo quieras asociar (algo como sugirió cmc) y el 'A' y 'B' será quien los diferiencíe (¿esta bien escrito

?) y así podrás darle preferencia a los que terminen con 'A' ... ó cualquier formato parecido (imagenA-$id, $id-A, prefA-$id.... ).
Con respecto a la creación de carpetas busca la función mkdir().
Y de la limitación del tamaño de archivo... pués ahí está lo de cmc.. a $tamano_archivo le asigna el peso del archivo y crea una condicional
if($tamano_archivo < peso_específico) { continua... } else{ el archivo exede el tamaño permitido }
.... creo para saber el peso del archivo se hace con
$_FILES['archivo']['size'].

Suerte!