Código:
<script language="JavaScript">
function saca_mens ()
{
ttms=window.open("aki la URL","Nombre de la ventana");
}
function cancel () {}
if (confirm("Mensaje del popup")) {saca_mens();} else cancel()
</script>
Y donde quieras que salga pues llamas a saca_mens, creo que era esto lo que querias...es que esta más bien poco claro :O