Hola, Enea
No sé si esto será todo, pero veo un problema que puede ser la causa.
Si quieres que se adapte a todas las resoluciones y fijas la altura o anchura de los marcos... El Flash al 100% se adaptará al alto o al ancho del marco, pero no a los dos.
No sé si será eso lo que causa tu problema.
Por otro lado, no creo que puedas definir las dimensiones de ambos marcos en píxeles, ¿qué pasa si su suma no coincide con la resolución?
Para empezar yo fijaría sólo lo que quieres predefinir, es decir (en rojo):
Código:
<frameset rows="93,*" framespacing="0" frameborder="no" border="0">
<frame src="Public/Logo.php" name="Logo" scrolling="no" marginheight="0" marginwidth="0" noresize>
<frameset cols="142,*" frameborder="NO" border="0" framespacing="0" >
<frame src="Public/Menu.htm" name="Menu" scrolling="no" marginheight="0" marginwidth="0" noresize>
<frame src="Public/Contenidos.php" name="contenidos" marginheight="0" marginwidth="0" scrolling="auto" noresize>
</frameset>
</frameset>
A ver si mejora
