Controlar capas desde otra ventana

[Appletalk]

Desde la ventana a la que la abrio te referis como window.opener.
Desde la que la abre a la ventana, guardando una referencia de ella en una variable al abrirla.

Ejemplo:

abc = window.open('http://google.com','abc','');
abc.alert('hola, soy google.com');