¿Y si te creas un video que sea una imagen negra y sin audio? Vas intercalando ese video entre los videos buenos, y así no te tienes que preocupar por si lo cortas un poco antes o un poco después. Lo de la pausa con el espacio me parece una buena solución, si el video que te creas es de un minuto por ejemplo, tienes un minuto de margen para pulsar la barra espaciadora.
El problema vendría al reanudar, tendrías que averiguar la combinación de teclas para pasar automáticamente al siguiente video
No sé, otra cosa no se me ocurre