Hola platinum:
Lo que tienes que puede ponerse en un script aparte (un fichero js) es:
<script type="text/javascript">
<!--
var AFS_Account="00120510";
var AFS_Tracker="001";
var AFS_Server="www1";// -->
</script>
De lo que solo las líneas en azul podrían ponerse en un fichero aparte... También tienes un script con extensión .cgi (suelen ser en lenguaje perl) pero indiicando que se trata de javascript... (¡cosa rara!)
Saludos