Hola,
interesante el tema ya que no se cual es el problema.
Pero de todas formas una manera de evitarlo es haciendo click en el boton, osea, en vez submitir la forma directamente se ejecute un click en el boton:
<form name="formulario" action="borrar.php?web=borrar" target="nuevo" onsubmit="window.open(' ', 'nuevo', 'toolbar=no,directories=no,menubar=no,location=no' );" method="post">
<input type="checkbox" name="unachek" value="etevalor"> etoe una check<br>
<input type="submit" name="boton" value="enviae">
<a href="javascript
:document.formulario.boton.click() ;">esto es el link</a>
</form>
saludos.