El problema es que para usar un kernel 2.6 en Red Hat 9 vas a tener que instalar un montón de paquetes adicionales (modutils, glibc, udev, hal, ectétera). Adcemás, muchas aplicaciones que tienes actualmente funcionando en Red Hat 9 pueden dejar de hacerlo, debido a los cambios entre la serie 2.4 y 2.6 del kernel (por ejemplo, los drivers de nVidia son específicos para cierto rango de kerneles). Y si no sabes exactamente lo que haces, puedes llevarte más de una sorpresa... Una sola vez instalé un kernel 2.6 en Red Hat 9, pero no fue una experiencia muy agradable
Si realmente necesitas un kernel 2.6, lo mejor es que actualices a Fedora. De hecho, si no tienes una razón muy justificada para usar Red Hat 9, lo más recomendable es que migres a Fedora.
Dark Link: ¿A qué te refieres con eso de que "en Red Hat se necesita editar más archivos de los que normalmente no se hace"? Que yo sepa, el proceso de compilación del kernel es prácticamente el mismo que en cualquier otra distribución. Y si usas una herramienta gráfica para configurar las opciones del kernel (como menuconfig u otra) no necesitas editar _ningún_ archivo.