Hola,
hace tiempo yo buscaba algo asì; aunque màs bien lo querìa para mi entorno windows, pues encontrè algo que sirve para Linux con su Cpanel.
He preguntado a gente que es experta en MODS para el Helm de Winidows, y me han dicho que por el momento no se puede crear mediante un script subdominios.
En cuanto al script php que te digo, pues tendràs que checar este link y ver si cumples los requisitos:
Subdominios por medio de script
Saludos