Hola a todos:
¿El submit es a la misma ventana o el formulario tiene un target?
Si es a la misma ventana anularía el resto de sentencias que aparecen detrás, entra ellas el window.close()...
Creo que si es a otra ventana funcionaría bien, luego también tendrías que cerrar la ventana del submit...
En las FAQs se muestra la forma de enviar un formulario a un popup.
Saludos