mira yo uso un soft de pago, pero lo uso para crear el diagrama de la bd, y ya el solito luego me crea la base de datos y me sirve para documentar tambien, se que tiene una opcion para hacer ingenieria inversa y obtener el diagrama de una bd en base a su estructura y de alli poder documentarla.
mira
www.xCase.com
quiza te sirve
saludos.