Puedes usar la función explode para separar los elementos, y luego crear una cadena que irá concatenando a partir del elemento x(en este caso puse 4 para que coincida con el directorio que dices) hasta el final del array:
Código PHP:
<?
$a="/home/usuario/directorio1/directorio2/directorio3/tn_129-2997_IMG.JPG";
$a=explode("/",$a);
for($i=4;$i<(count($a));$i++) $nueva.=($i<((count($a))-1)) ? ($a[$i]."/") : ($a[$i]);
print $nueva;
?>
Según la línea que está dentro del bucle se concatenará el elemento siguiente seguido de "/" salvo si estamos en el último elemento en cuyo caso sólo se concatena el elemento siguiente.
Aunque lo mismo hay alguna manera de hacerlo más rápido.
Salu2 ;)