Saludos...
Como bien dicen es mejor utilizar películas independientes que escenas, éstas se comunican cargándolas o de otras formas. La típica es cargar en una película principal las otras. Por ejemplo:
En la movie principal cargo en el nivel 1 una película externa:
loadMovieNum("pelicula_externa.swf", 1);
Para comunicarme con ella, por ejemplo quiero ir al frame 10 de la película externa (que ya ha sido cargada), pondría en la movie principal algo como:
_level1.gotoAndStop(10);
Esa es como la idea general

, obviamente el tema se extiende para mucho, revisa los post del foro y recursos