hola again, es fácil, sólo incluye estos valores en los de html cuando importas un .swf, por ejemplo:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="480" height="75">
<param name="movie" value="flash/nombre.swf">
<param name="quality" value="high">
<embed src="flash/nombre.swf" width="480" height="75" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash"></embed></object>
Fíjate que tiene param name = modo = valor
Incluye el código de abajo dentro de esos y listo
<param name="wmode" value="transparent">
saludos
omar