Hola otra vez:
Si cierras la ventana desde el mismo enlace, impides que se haga el enlace... He probado algo parecido, y para que funcionase, tenía que darle un tiempo...
El enlace, además debe hacerse a la página principal, y no al popup.
Prueba poniendo en la página principal (destino del enlace) window.name = "principal";
Y en el enlace del popup lo mismo pero con un "retraso"...
'<a href="principal.php?rutP=".$registro[2]."&rutfP=".$registro[3]" onclick="setTimeout(\'window.close()\', 1000)" target="principal"><IMG SRC=flecha.jpg border=0 width=32 height=22></a>'
Saludos
