Si antes se veia bien en ambos, entonces quiza el problema es el DocType, quiza este enlace pueda ayudarte:
http://www.alistapart.com/articles/doctype/
Si no, entonces el problema puede ser en que no todas las propiedades son soportadas por todos los navegadores y ahi pueden venir los problemas, "estandarizar" tu pagina está bien, pero es mas trabajo de lo que aparenta, como menciona Durgeoble el problema dudo que sea Firefox por que por lo general es al reves, los ajustes y "hacks" muy comunmente se tienen que hacer para Internet Explorer.