Que aparezca una ventana con un mensaje a un determinado usuario

[ArrauKano]

hace otra tabla donde solo se necesite el id del usuario (o agrega el campo a la tabla)
por ejemplo si la tabla es:
ID, USER, PASS, MESSAGE

la consulta sería algo asi
SELECT ID,MESSAGE FROM users WHERE USER='var usuario' AND PASS = 'var password'

supongamos que el resultado lo guardas en $result luego haces un if
$result = $result[0];
if ($result['message'] == 1) {
echo 'un mensaje'
} else {
// no hacer nada
}