Pregunta |<?php include("todo") ?>

[Yoko_cl]

Eso es porque el include lo unico que hace es PEGAR el script en la pagina que lo llama, es como si lo hubieras escrito ahi.

Lo que tienes que hacer es que a cada link o include de tu script principal (el que llamas desde web/archivo.php) le pongas el directorio script antes de los nombres de archivo.