En el TMPGEnc, si usas el asistente, en el paso 3/5 en Source Range, selecciona el principio y el final de la película. Normalmente el TMPGenc lo selecciona por defecto, pero a veces no lo hace bien.
Lo del sonido puede ser por muchas cosas. Si es OGG o AC3, son formatos que el tmpgenc no soporta (hay que hacer un paso previo con el sonido para que los admita), y si es MP3, te aseguras de configurarlo como en
www.mundodivx.com/mpeg/tmpgenc.php?p=2 con eso debería bastar para audios MP3.
De todas formas si se sigue "atascando", utiliza Canopus Procoder, no falla tanto.
Saludos