Hola,
Una opcion con apache es usar mod_rewrite para reescribir la URL dominio.com/usuario a dominio.com/index.php?u=usuario, de forma interna y transaparente para el usuario.
En
http://zonaphp.com/articulo30.php tienes info sobre el mod_rewrite, auqneu es para el tema de optimizacion de URLs para buscadores, este caso es semejante (quieres ocultar/disimular el parametro).
saludos.