Que tal.
Particularmente, utilizo una hoja y un lapiz para realizar el boceto inicial, ya sea cuadrado curvo o lo que sea. Luego delimito zonas en las cuales voy colocando objetos, tales como un espacio para una animación, enlaces importantes, publicidades, etc.
Delimito zonas en donde quiero info o alguna imagen, y asi voy ya cuando tengo la idea, puedo ir al software para empezar.
Generalmete separo las zonas de mi boceto en papel que realize y tomo las decisiones sobre con cuales herramientas trabajar, algo asi como, "Realizo el encabezado en Flash", las imagenes en Photoshop, etc....asi hasta tener el producto final....
espero haberte ayudado en algo.
Saludos.