Google lee perfectamente php y links hacia phps.
Tu problema debe ser que Google no va mas adentro por algun motivo, quiza pocos links hacia tu web, quiza otro motivo, pero no es por php.
Mira este link:
http://www.google.com/search?q=site:...utf-8&oe=utf-8
Aqui ves que ESTE foro (forosdelweb) tiene 99,700 paginas php indexadas en google y cada una de ellas proviene de una base de datos.