Bueno, más o menos ya he conseguido lo que quería, y la verdad es que al final ha sido bastante más sencillo. Mirad:
indice.php ->
<html><head><title></title></head>
<body>
<? include("libreria1.php");
c1();?>
</body></html>
libreria1.php ->
<? function c1()
{ include("libreria2.php"); $v1="<div>hola, me llamo $a </div>";
echo $v1;}?>
libreria2.php ->
<? $a="josepet" ?>
Vamos, que he incluido directamente la segunda librería en la función de la primera, y la variable dentro de la función está puesta tal cual, sin estar entre <? ?>
Si ponía la variable como global también servía, pero había leído que era mejor no hacerlo así.
Supongo que lo he hecho bien pues, no? Bueno, muchas gracias por vuestra ayuda! ;)