Particiones

[Kardenal]

Pues mira, asi como lo describes, yo pienso y por que he trabajado muchisimo con las particiones de discos duros, te digo que no tiene por que afectar al arranque de tu sistema operativo (el que sea) el que tengas varias particiones de disco, y por lo que dices que los archivos de inicio esten en una particion y los de tu sistema operativo (OS) en otra, a lo mejor lo que paso es que esos archivos del boot.ini y demas los dejo ahi a la hjora de instalar, revisa si existen en el directorio raiz de inicio que en este caso seria c:\ (que mas), y de ser asi, lo mas seguro es que solamente los uso a la hora de instalar el sistema operativo, y abria que eliminarlos para que no cause mas confusion (ni a ti ni a tu OS), pero pos lo mejor seria que ni los movieras, ya sabes que es bien chocante ese windows, pero lo mejor seria que asi los dejaras, resumiendo la respuesta, si tu OS inicia como debe de ser, no, no le afecta para nada

Saludos:
KARDENAL