primero que nada, tu puedes hacer la arquitectura de las clases como gustes, podrias incluso hacer una clase solamente, o bien, como dices, clase usuario, grupo, permiso etc. pero normalmente las necesidades de la aplicación te van mostrando como es mejor abstraer esa información. Ahora, dejando claro eso, primero checa
http://pear.php.net/packages.php?cat...Authentication
y fijate que lo que quieras hacer no lo haya hecho alguien ya, y si alguien ya hizo algo similar, estudia su código y aprende de él. Eso no quiere decir que tu conjunto de clases deba ser igual, pero te puedes dar una idea viendo codigo de gente que ya ha estudiado esa necesidad tal vez mas a fondo que tu que apenas inicias. Posteriormente tendrás material suficiente para decidir a hacer tu propio sistema, tal vez de una forma diferente o "mejor".
saludos