Lee esto primero:
Porque Unidad C:/ tiene preferencia ante las demas particiones. Cual es el motivo?
Ahi explico una forma que usaba varios años atrás SIN problemas.
Sobre tu pregunta de dejar por ejemplo en una partición las aplicaciones en común, creo que algunos o muchos productos no van a funcionarte debido a que por ejemplo Microsoft Office detecta el SO sobre el cual se está instalando y deja los archivos necesarios para su uso. Por ejemplo: Digamos que instalaste Office 2000 en win98 pero en una partición F: la cual va a ser solo para las aplicaciones. Al finalizar todo, inicias con XP y le indicas que vas a instalarlo en esa unidad, va a detectar que ya está instalado, va a hacer una recompilación del producto y posiblemente borrar lo que no ocupa e instalar lo que si. Al volver a entrar nuevamente en win98 y ejecutar alguna herramienta de office, posiblemente te falle.
Yo traté de hacer eso en varias ocasiones cuando estaba el office 95 y NO me funcionó, al igual que otras aplicaciones.