Hola fernandocomet:
La verdad es que no es fácil sin más datos.
Una cosa que cuela en explorer es omitir medidas (px, cm, etc.) fíjate si existen...
Noes lo mismo
#capa {
position:absolute;
top: 0px;
left: 0px;
}
que lo mismo sin px...
Pero puede haber muchas razones más...
Saludos