Ah bueno, pues puedes crearte Strings temporales para guardar ahi todo menos las comas:
Código PHP:
String Cadena = new String("3,456,894");
String Cadena2 = "";
for(int a = 0; a < Cadena.length(); a++)
{
if(Cadena.charAt(a) != ',')
Cadena2 += Cadena.charAt(a);
}
Al final tendrias en Cadena2 los mismos numeros pero sin la coma