Debes cambia el INNER JOIN po un LEFT JOIN
SELECT Region.nombre AS rnombre, Region.id_region AS ridr, COUNT(Mercado.id_region) AS midr
FROM Region LEFT JOIN
Mercado ON Region.id_region = Mercado.id_region
GROUP BY Region.nombre, Region.id_region
Pero... no sé si los nulos los pondrá como cero, probablemente debas poner alguna función dentro del COUNT() o cambiar el propio COUNT()
Pero eso depende de qué base de datos estés utilizando
Un saludo
