Asi es, los archivos fuentes de java, tienen extensión .java y con la ayuda del JDK se generan los archivos .class que son los que finalmente podràn ser ejecutados.
Con Java puede hacer todo tipo de aplicaciones, incluyendo editores de texto tipo word y hojas de calculo como excel ...
Un buen tutorial para empezar:
http://www.programacion.com/java/tutorial/intjava/1/