Pues Rocita desde aquí es dificil saber que te ocurre, si das más datos quizá te pueda ayudar:
1. Como instalaste el CRT, con www o sin ellas. En realidad las www son un subdominio de tu nombre de dominio, Puede que no veas la página segura como
httpS://www.tudominio.com pero si lo veas como
httpS://tudominio.com o viceversa.
2. Cuando instalaste el CRT se reinicio Apache httpd o solo te dijo que instalado Ok sin más. Debes reiniciar.
No se sin que des más datos no te puedo ayudar más.
Saludos,