Problema con DOCTYPE

[PascalC]

Si usas XHTML y tienes separación entre la estructura (xhtml) y la rpesentación (CSS), deberías usar una DTD estricta y no transicional.

Añadir una DTD no sirve para "validar" la página, la DTD es obligatoria para que el codigo sea considerado y mostrado como html/xhtml. Si no está la DTD (o si está mal formada), el navegador usa un modo "quirks" (caprichos en inglés), o sea que no respeta las normas xhtml/css sino que intenta mostrar tu página como si hubiera sido echa en los años 90 cuando no había estándar bien definido y difundido.

En este caso, como lo dice Kemie es muy probable que tus bloques sean calculados con el antiguo sistema de IE5 (problema del modelo de cajas) e indicando una DTD correcta, te las muestra con la buena formula de calculo de ancho de cajas, lo que te descuadra el resultado final.