Ah si, ahora entiendo, quieres cambiar el caracter ',' por el caracter '.' Bien, es facil. Mira este codigo:
Código PHP:
String Cadena = new String("3,45689");
String Cadena2;
for(int a = 0; a < Cadena.length; a++)
{
if(Cadena.charAt(a) == ',')
Cadena2[a] = '. ';
else
Cadena2[a] = Cadena[a];
}
Al final tendrás en Cadena2 el mismo numero pero en decimal.