etolocka:
Creo que directamente no se puede. Quizás funcione si tras cargar el frameset en la nueva ventana haces una llamada al marco/frame indicando al documento que quieres que se cargue en él.
Suponiendo que el frameset defina los marcos "frame1" y "frame2" y quieras que en el "frame2" se cargue la página "paginaDeseada.htm", sería algo así:
<a href="javascript
:void();" onClick="ventana2=window.open('paginaExterna.htm') ;ventana2.frame2.location.href='paginaDeseada.htm' ">
Pruébalo a ver