bueno, eso estuvo fácil.
para que no se vean tan finitos en firefox tenés que ponerles más grosor al border, por ejemplo border="3" y siempre es conveniente usar un framespacing="1" por lo menos así se ve bien el color, fijate si así no los ves como querés:
Código HTML:
<html>
<head>
<title>Documento sin título</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<frameset rows="80,*" cols="*" framespacing="1" frameborder="1" border="3" bordercolor="#0000FF">
<frame src="top_frame.htm" name="topFrame" scrolling="No" noresize bordercolor="#0000FF">
<frameset cols="80,*" framespacing="1" frameborder=1" border="3" bordercolor="#0000FF">
<frame src="left_frame.htm" name="leftFrame" scrolling="No" noresize bordercolor="#0000FF">
<frame src="main_frame.htm" name="mainFrame" scrolling="Yes" noresize marginwidth="50" marginheight="80" bordercolor="#0000FF">
</frameset>
</frameset>
<noframes><body>
</body></noframes>
</html>
yo los probé en los dos navegadores y así si veo los bordes azules, probalo vos a ver que te parece y me contás ok?