Pues eso es normal cuando se usan frame. Al recargar la página estás recargando el frameset completo, y encuentra que la sección que ha de cargar en el segundo frame es la principal. No se puede evitar que suceda usando el reload del navegador.
Lo que puedes hacer para recargar una sección suelta es poner un link o botón que lo haga
<a href="#" onclick="this.location.reload()"> Recargar </a>
pero si se usa el del propio navegador siempre te llevará a la principal
