Hola,
¿Te refieres a que tienes un <a> pero que usas el onclick en lugar de un href? ¿O que tienes un "bonito" menu creado con codigo javascript completamente? Para la primera opcion, debes saber que puedes poner la URL tambien en el href, y añadir al final del onclik un return false; para que cancele la accion de ir al href. Y para la segunda opcion, para algo existe el <noscript>, para los navegadores que no soportan javascript.
Saludos.