Gracias Aavg, primero estoy probando lo de quitar las DLLs innecesarias... he encontrado la información
aquí. Ya he conseguido instalar el programa en un W2000 y estoy probando todas las funcionalidades. Si detecto algo que funciona mal tendré que hacer lo que decís de generar el instalador en un W98. Ya os contaré cuando lo haya probado todo.
Saludos